Em Castle of Shikigami III o gamer embarca no país mágico Alcaland para desvendar o mistério que encobre o desaparecimento do povo. Para isso, o jogador encarna um profissional que deve se aventurar nas profundezas do Swan Castle e desvendar a verdade.

O game conta com uma nova modalidade denominada Dramatic Change Mode, na qual o jogador tem a possibilidade de alternar entre dois personagens mesmo no meio de uma batalha. Além disso, o player pode visualizar diversas imagens belas com o novo modo galeria.

Há dez personagens únicos no jogo, cada qual com suas armas e poderes específicos. Até 55 combinações de histórias diferentes podem ser realizadas. As lutas são marcadas por cinco estágios de pura ação, cada um culiminando em um confronto com um chefe poderoso. O player ainda pode embarcar na ação de Castle of Shikigami III jogando no modo cooperativo com um amigo.